Pascasarjana STAI Al-Falah dipimpin oleh Direktur, bersama Ketua dan Sekretaris Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam, di bawah koordinasi pimpinan STAI Al-Falah. Bersama dosen dan tenaga kependidikan, mereka mengelola penyelenggaraan akademik, penjaminan mutu, dan layanan mahasiswa.
Pimpinan
Dr. KH. Nanang Naisabur, M.H.
Ketua STAI Al-Falah
Assoc. Prof. Dr. H. Fahruroji, M.Pd.
Wakil Ketua I STAI Al-Falah
Dr. H. Boy Arief Rochman, S.Pt, M.A.B.
Wakil Ketua II dan III STAI Al-Falah
Adzka Muzayyin Rahmadhya Naisabur, S.T., MBA.
Sekretaris Pimpinan STAI Al-Falah